연차휴가 관리 처리 시 어떤 증빙을 갖춰야 하는지 궁금합니다

상시 관리인력 6명이 근무하는 집합건물 관리단입니다. 일부 지급분은 계좌이체 내역만 있고 별도 근태기록 자료가 부족한 상태입니다. 근로시간 기록은 출퇴근대장으로 관리하고 있고, 휴게시간은 근로계약서에 기재되어 있으나 실제 운영과 차이가 있는 날이 있습니다.

최근 15개월 자료를 정리해보니 급여대장, 원천세 신고자료, 통장지출 내역 사이에 항목명이 일치하지 않는 건이 있습니다. 관리단 회계에서는 관리비 계정과 별도 수익 계정을 분리하고 있으나 연차휴가 관리 항목을 어느 계정으로 처리할지 의견이 다릅니다.

연차휴가 관리 관련 자료를 정리할 때 계약서, 급여대장, 지급증빙 중 어떤 항목을 우선 대조하는 게 좋을까요? 세무나 노무상 결론을 단정하기 전에 관리단 내부에서 확인해둘 사실관계와 서류가 무엇인지 알고 싶습니다.