퇴사자 정산 관련 근로시간과 수당 산정 기준을 어떻게 확인해야 하나요

월별 관리비 집행과 급여지급을 함께 관리하는 과정에서 퇴사자 정산 문제가 생겼습니다. 관리단 회계에서는 관리비 계정과 별도 수익 계정을 분리하고 있으나 퇴사자 정산 항목을 어느 계정으로 처리할지 의견이 다릅니다. 근로시간 기록은 출퇴근대장으로 관리하고 있고, 휴게시간은 근로계약서에 기재되어 있으나 실제 운영과 차이가 있는 날이 있습니다.

현재 근로계약서와 급여대장에는 퇴직정산 항목이 서로 다른 표현으로 기재되어 있어 정리가 필요합니다. 관리단 결산보고서에는 총액만 표시돼 있어 세부 지급근거까지 첨부해야 하는지도 검토하고 있습니다. 최근 14개월 자료를 정리해보니 급여대장, 원천세 신고자료, 통장지출 내역 사이에 항목명이 일치하지 않는 건이 있습니다. 일부 지급분은 계좌이체 내역만 있고 별도 퇴직급여 자료가 부족한 상태입니다.

세무나 노무상 결론을 단정하기 전에 관리단 내부에서 확인해둘 사실관계와 서류가 무엇인지 알고 싶습니다. 미지급임금와 퇴직급여가 연결된 경우 회계자료와 노무자료를 별도로 관리해야 하는지 궁금합니다.