관리비 예치금 처리 관련 근로시간과 수당 산정 기준을 어떻게 확인해야 하나요

상시 관리인력 6명이 근무하는 집합건물 관리단입니다. 직원이나 용역업체와 계약조건을 변경하는 경우 회계처리와 근로조건 변경을 각각 별도로 확인해야 하는지 궁금합니다. 최근 7개월 자료를 정리해보니 급여대장, 원천세 신고자료, 통장지출 내역 사이에 항목명이 일치하지 않는 건이 있습니다.

근로시간 기록은 출퇴근대장으로 관리하고 있고, 휴게시간은 근로계약서에 기재되어 있으나 실제 운영과 차이가 있는 날이 있습니다. 해당 항목과 관련한 월 지급액 또는 집행액은 약 4,760만 원이고 관련 인력은 6명입니다. 관리단 결산보고서에는 총액만 표시돼 있어 세부 지급근거까지 첨부해야 하는지도 검토하고 있습니다. 관리단 회계에서는 관리비 계정과 별도 수익 계정을 분리하고 있으나 관리비 예치금 처리 항목을 어느 계정으로 처리할지 의견이 다릅니다.

세무나 노무상 결론을 단정하기 전에 관리단 내부에서 확인해둘 사실관계와 서류가 무엇인지 알고 싶습니다. 관리비 예치금 처리 관련 자료를 정리할 때 계약서, 급여대장, 지급증빙 중 어떤 항목을 우선 대조하는 게 좋을까요?